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Expert-comptable pour pharmacie : TVA à trois taux, stock, officine et salariés
Une pharmacie d'officine vend des médicaments remboursables, d'autres qui ne le sont pas, et de la parapharmacie : trois taux de TVA passent par la même caisse. Elle porte un stock qu'il faut compter chaque année, se rachète souvent par une société et emploie des salariés sous une convention qui lui est propre. Un mois de ventes ventilé aux taux de 2026 montre où se glissent les erreurs, avant le détail de notre mission d'expert-comptable de pharmacie, du rachat à l'inventaire.
Par Mikhael Amsellem, associé du cabinet Publié le Chiffres 2026
- TVA des ventes
- 2,10 % pour les médicaments remboursables, 10 % pour les autres médicaments, 20 % pour la plupart des produits de parapharmacie
- Bénéfices
- Bénéfices industriels et commerciaux, ou impôt sur les sociétés quand l'officine appartient à une société
- Propriété
- Le titulaire, pharmacien ou société, possède une seule officine
- Retraite
- CAVP, caisse des pharmaciens
Une officine, une activité commerciale
Le pharmacien d'officine est un professionnel de santé, mais son officine est un commerce. Pour l'impôt, les bénéfices qu'il tire de son exploitation sont des bénéfices industriels et commerciaux, et non des bénéfices non commerciaux comme ceux d'un médecin ou d'une infirmière. La comptabilité suit donc les règles des commerçants : créances et dettes, stock, comptes annuels.
La propriété de l'officine obéit à une règle propre au code de la santé publique : le pharmacien, ou la société, doit être propriétaire de l'officine dont il est titulaire, et ne peut l'être que d'une seule. Plusieurs pharmaciens peuvent l'exploiter ensemble dans une société en nom collectif ou une société à responsabilité limitée, gérée par l'un d'eux ; les sociétés d'exercice libéral sont aussi ouvertes à la profession.
Une officine détenue par une société paie l'impôt sur les sociétés : 15 % jusqu'à 42 500 € de bénéfice pour une PME qui remplit les conditions du taux réduit, puis 25 % (barème du taux de l'impôt sur les sociétés). Le rachat d'une officine par une société se prépare avec un prévisionnel, dans le cadre de notre mission de création d'entreprise, et l'emprunt se lit avec le tableau d'amortissement.
Trois taux de TVA au comptoir
Contrairement aux cabinets de soins, l'officine facture la TVA sur ses ventes et récupère celle de ses achats. Le taux dépend du produit, pas du client :
- 2,10 % pour les médicaments remboursables par la sécurité sociale et les préparations qui remplissent les mêmes conditions (article 281 octies du code général des impôts) ;
- 10 % pour les autres médicaments autorisés sur le marché, les préparations magistrales et produits officinaux qui ne sont pas remboursables (article 278 quater) ;
- 20 % pour la plupart des produits de parapharmacie, d'hygiène et de soin de la peau.
Le même médicament peut changer de taux : il quitte le taux de 2,10 % le jour où il cesse d'être remboursable. L'acte de vaccination que le pharmacien pratique lui-même est, lui, un soin exonéré. Au 1er janvier 2027, ces deux articles du code général des impôts seront abrogés : la TVA passe dans le code des impositions sur les biens et services. Les taux du barème de la TVA restent la référence.
Un mois de ventes ventilé par taux
Exemple chiffré
Une officine encaisse en un mois 133 000 € toutes taxes comprises : 98 000 € de médicaments remboursables, 14 000 € de médicaments non remboursables et 21 000 € de parapharmacie. La TVA se retrouve à partir des montants TTC : montant × taux ÷ (100 + taux).
| Médicaments remboursables 98 000,00 € × 2,10 ÷ 102,10 | 2 015,67 € |
|---|---|
| Médicaments non remboursables 14 000,00 € × 10 ÷ 110 | 1 272,73 € |
| Parapharmacie 21 000,00 € × 20 ÷ 120 | 3 500,00 € |
| TVA collectée à déclarer | 6 788,40 € |
Le chiffre d'affaires hors taxe du mois est de 126 211,60 €. Si les médicaments non remboursables étaient restés paramétrés au taux de 2,10 %, la caisse n'aurait compté que 287,95 € de TVA sur eux : la déclaration serait sous-évaluée de 984,78 € pour ce seul mois.
Le calcul de la TVA refait cette ventilation pour un autre montant ; la TVA de vos achats auprès des grossistes et des laboratoires vient ensuite en déduction.
Le stock et la marge
Une officine immobilise une part importante de sa trésorerie dans ses rayons. À chaque clôture, un inventaire compte les produits présents, valorisés à leur coût d'achat ; les produits périmés sortent, et ceux qui ne se vendront plus à leur prix sont dépréciés. Le stock de fin d'année diminue les achats consommés : dix boîtes oubliées ou comptées deux fois changent le bénéfice d'autant.
La marge se suit par famille de produits, parce que les trois familles n'ont ni les mêmes prix ni les mêmes taux. Le calcul du taux de marge donne, pour un produit ou un rayon, la marge et le coefficient à partir du prix d'achat et du prix de vente.
Les salariés de l'officine
Pharmaciens adjoints, préparateurs et personnel de vente relèvent de la convention collective nationale de la pharmacie d'officine du 3 décembre 1997 (IDCC 1996).
Notre fiche sur la convention de la pharmacie d'officine détaille sa grille de salaires.
Le titulaire établit et signe lui-même les contrats de travail de son équipe. Nous préparons chaque mois les bulletins, selon la grille de la convention, dans le cadre de notre mission social et paie.
Retraite et cotisations du titulaire
Titulaire en nom propre, le pharmacien est un travailleur indépendant : la CAVP, caisse propre aux pharmaciens, gère sa retraite, tandis que maladie, famille et CSG-CRDS se règlent à l'Urssaf. Associé d'une société en nom collectif, chaque pharmacien cotise sur sa part du bénéfice. Dans une société soumise à l'impôt sur les sociétés, le partage entre rémunération et dividendes change ses cotisations : c'est une décision à chiffrer chaque année.
Expert-comptable pharmacie : notre mission auprès du titulaire
- 01
Le rachat se prépare chiffres en main, avec le prévisionnel de l'officine et la comparaison entre exploitation en nom propre et en société.
- 02
Les ventes de la caisse sont pointées chaque mois, taux par taux, contre les remises en banque et les règlements de l'Assurance maladie ; la déclaration de TVA en découle.
- 03
Les bulletins de l'équipe sont établis selon la convention de la pharmacie d'officine.
- 04
À la clôture, le stock est valorisé et les produits invendables dépréciés, avant l'établissement des comptes annuels.
La comptabilité courante de l'officine relève de notre mission de tenue comptable.
Les autres pages de la famille Santé : Professions de santé, Infirmier, Médecin libéral, Kinésithérapeute, Dentiste, Psychologue, Orthophoniste, Sage-femme, Podologue et Ostéopathe. Toute la famille figure dans le plan des secteurs.
Questions fréquentes
Quel taux de TVA pour un médicament qui n'est plus remboursé ?
Le taux de 2,10 % est réservé aux médicaments remboursables par la sécurité sociale. Un médicament autorisé sur le marché qui sort de la liste des remboursables passe au taux de 10 %. La fiche du produit doit être mise à jour dans le logiciel de l'officine le jour même : sinon, la TVA collectée est sous-évaluée à chaque vente.
Un pharmacien peut-il être propriétaire de deux officines ?
Non. Le pharmacien, ou la société, doit être propriétaire de l'officine dont il est titulaire, et ne peut être propriétaire ou copropriétaire que d'une seule officine. Plusieurs pharmaciens peuvent en revanche s'associer dans une société qui exploite une officine, à condition que la gérance soit assurée par l'un ou plusieurs d'entre eux.
La vaccination faite au comptoir supporte-t-elle la TVA ?
L'acte de vaccination effectué par le pharmacien, dans les conditions fixées par la réglementation sanitaire, est un soin exonéré de TVA, comme le prévoit la doctrine fiscale. Il se suit donc à part des ventes en comptabilité : il n'entre dans aucune des trois colonnes de TVA du mois.
Comment se compte le stock d'une officine à la clôture ?
Par un inventaire physique à la date de clôture, article par article, valorisé au coût d'achat. Les produits périmés ou invendables sont retirés, et ceux dont la valeur de vente est tombée sous le coût sont dépréciés. Le stock final vient en diminution des achats de l'exercice : une erreur d'inventaire change directement le bénéfice.
Sources
- Code de la santé publique, article L. 5125-11 (Légifrance, version en vigueur depuis le 31 juillet 2018), consulté le
- Code de la santé publique, articles R. 5125-14 à R. 5125-24, société d'exercice libéral de pharmaciens d'officine (Légifrance), consulté le
- BOFiP, BOI-BNC-CHAMP-10-30-10, « Professionnels de santé » (version en vigueur depuis le 20 mai 2020), § 210, consulté le
- Code général des impôts, article 281 octies, taux de 2,10 % des médicaments remboursables (Légifrance, version en vigueur du 1er janvier 2022 au 1er janvier 2027), consulté le
- Code général des impôts, article 278 quater, taux de 10 % des autres médicaments (Légifrance, version en vigueur du 1er janvier 2021 au 1er janvier 2027), consulté le
- Ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025 portant recodification de la taxe sur la valeur ajoutée et diverses modifications du code des impositions sur les biens et services (Légifrance, JORF du 20 décembre 2025), consulté le
- BOFiP, BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10, « Professions médicales et paramédicales » (version en vigueur depuis le 9 avril 2025), § 1 et 95, consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Protection sociale du professionnel libéral » (page datée du 23 juin 2026), consulté le
- Code du travail numérique, convention collective nationale de la pharmacie d'officine du 3 décembre 1997 (IDCC 1996), consulté le