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Comptable pour médecin libéral : déductions du secteur 1, secteur 2, CARMF et remplaçants
Un médecin libéral conventionné en secteur 1 peut retirer de son bénéfice trois déductions que les autres professions libérales n'ont pas, à condition de déposer sa déclaration à temps. En secteur 2, il déduit ses frais réels et choisit son régime social à l'installation. Les règles de 2026 suivent, avec le calcul complet pour un généraliste et le travail d'un comptable de médecin libéral, du premier remplacement à l'installation.
Par Mikhael Amsellem, associé du cabinet Publié le Chiffres 2026
- Secteur 1, déclaration contrôlée
- Déduction de 2 % des recettes, frais du groupe III jusqu'à 3 050 €, déduction complémentaire de 3 %
- Condition
- Déclaration 2035 déposée dans le délai légal, sinon les déductions sont perdues
- Retraite
- CARMF, caisse de retraite des médecins
- Secteur 2
- Droit d'option entre le régime des praticiens conventionnés et celui des libéraux, à l'installation
Secteur 1 : trois déductions propres aux médecins conventionnés
Un médecin conventionné du secteur 1, qui applique les tarifs de la convention, et placé sous le régime de la déclaration contrôlée peut retirer de son bénéfice trois déductions que les autres professions libérales n'ont pas. Elles visent les omnipraticiens, les spécialistes médicaux, les chirurgiens, les spécialistes chirurgicaux et les électroradiologistes qualifiés conventionnés, à l'exclusion de toute autre profession, même conventionnée.
- Une déduction de 2 % des recettes brutes, dépassements autorisés compris et plus-values exclues. Elle couvre les frais de représentation, de réception, de prospection, les cadeaux professionnels, les travaux de recherche, le blanchissage et les petits déplacements en taxi ou en bus. Elle remplace leurs frais réels pour toute l'année : il faut choisir dès le 1er janvier, et ne pas inscrire ces dépenses en charges.
- Les frais du groupe III, une somme fixe tirée d'un barème selon la catégorie du médecin et le total de ses honoraires conventionnels. Elle atteint 3 050 € au-delà de 30 450 € d'honoraires conventionnels pour un omnipraticien.
- Une déduction complémentaire de 3 % des mêmes honoraires conventionnels.
Les deux dernières ne sont pas des déductions de frais : l'administration les accorde aux médecins en raison de leur adhésion à la convention nationale. Elles s'ajoutent donc aux charges réelles du cabinet (loyer, secrétariat, assurance, voiture).
Le calcul pour un généraliste du secteur 1
Exemple chiffré
Un médecin généraliste conventionné en secteur 1, installé à Paris, encaisse 126 000 € d'honoraires en 2026, tous aux tarifs de la convention, sans dépassement. Il est au régime de la déclaration contrôlée et dépose sa déclaration 2035 dans le délai.
| Déduction forfaitaire 126 000,00 € × 2 % | 2 520,00 € |
|---|---|
| Frais du groupe III honoraires conventionnels supérieurs à 30 450 € | 3 050,00 € |
| Déduction complémentaire 126 000,00 € × 3 % | 3 780,00 € |
| Total retiré de son bénéfice, en plus des charges réelles | 9 350,00 € |
Ces 9 350,00 € réduisent son bénéfice imposable, donc son impôt sur le revenu. La déduction de 2 % exclut en contrepartie la déduction réelle de ses frais de réception, de ses cadeaux à des confrères et de ses frais de stationnement.
Ce régime tient à une formalité : la déclaration 2035 doit être déposée dans le délai légal. Un simple retard fait perdre ces modalités particulières, même régularisé spontanément. Le simulateur d'impôt sur le revenu chiffre l'effet des déductions sur l'impôt du foyer.
Secteur 2 et régime social
Le médecin du secteur 2 fixe des honoraires différents des tarifs de la convention. Il n'a droit ni aux frais du groupe III ni aux déductions de 2 % et de 3 % : il déduit ses frais réels et reste soumis à toutes les obligations comptables du code général des impôts.
Côté social, le médecin conventionné entre en principe dans le régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés (PamC) ; l'Urssaf appelle ses cotisations de maladie, d'allocations familiales et de CSG-CRDS. Le médecin du secteur 2 dispose d'un droit d'option entre ce régime et celui des travailleurs indépendants des professions libérales ; le choix se fait à l'installation, et il est définitif. Dans tous les cas, la retraite relève de la CARMF, la caisse des médecins.
Remplacements, voiture et personnel du cabinet
Le médecin remplaçant exerce en libéral : il déclare dans ses bénéfices non commerciaux les honoraires que lui rétrocède le titulaire, et un étudiant en médecine qui remplace un docteur relève lui aussi du régime des praticiens conventionnés. Tant que ses recettes restent sous le plafond du régime micro, 83 600 €, nous comparons avec lui l'abattement forfaitaire et ses frais réels.
Les actes de soins sont exonérés de TVA. La TVA payée sur le matériel, l'échographe ou le mobilier du cabinet n'est pas récupérable et s'ajoute à leur coût. La voiture professionnelle se déduit au réel ou au barème kilométrique, mais ses frais de stationnement ne se cumulent pas avec la déduction de 2 %.
La secrétaire ou l'assistante médicale salariée relève de la convention collective du personnel des cabinets médicaux (IDCC 1147). Ses bulletins relèvent de notre mission social et paie ; la rédaction et la signature de son contrat de travail restent l'affaire du médecin employeur.
Notre fiche sur la convention collective des cabinets médicaux détaille la grille, l'essai et la prévoyance.
Comptable pour médecin libéral : notre travail, de l'installation à la 2035
- 01
Dès l'installation, le régime se fixe avec vous : micro ou déclaration contrôlée, option pour la déduction de 2 % au 1er janvier, choix du régime social en secteur 2.
- 02
Chaque mois, nous rapprochons vos relevés bancaires de ceux de l'Assurance maladie, dans le cadre de notre mission de tenue comptable.
- 03
Avant la date limite de mai, la 2035 est déposée, avec les frais du groupe III et la déduction complémentaire : un jour de retard les ferait perdre.
- 04
Toute l'année, nous suivons vos appels de cotisations, pour qu'une régularisation de l'Urssaf ou de la CARMF ne vous prenne pas de court.
Les frais de vos visites à domicile se calculent avec le calcul des frais kilométriques, sur la base du barème de l'année.
Les spécialités voisines
Les spécialistes suivent les règles de cette page. Le barème du groupe III, lui, change selon la catégorie du médecin : la somme maximale de 3 050 € s'atteint à un niveau d'honoraires conventionnels différent.
Les autres pages de la famille Santé : Professions de santé, Infirmier, Kinésithérapeute, Pharmacie, Dentiste, Psychologue, Orthophoniste, Sage-femme, Podologue et Ostéopathe. Toute la famille figure dans le plan des secteurs.
Chirurgien
Pour la catégorie des chirurgiens, les frais du groupe III atteignent leur maximum au-delà de 36 550 € d'honoraires conventionnels. La chirurgie esthétique demande une vigilance propre : seuls les actes à finalité thérapeutique sont exonérés de TVA. Un acte pris en charge par l'Assurance maladie, ou dont l'intérêt thérapeutique a été reconnu par l'autorité sanitaire, l'est ; un acte de pure convenance supporte la TVA. Le chirurgien doit pouvoir établir, acte par acte, la finalité thérapeutique qui justifie l'exonération.
Psychiatre
Le psychiatre, spécialiste médical, atteint le maximum du groupe III au-delà de 32 000 € d'honoraires conventionnels. Ses consultations et ses psychothérapies sont des soins exonérés de TVA. S'il sous-loue un bureau équipé à un psychologue ou à un confrère, cette recette n'est pas un soin : elle peut relever de la TVA, et compte alors dans le seuil de sa franchise en base.
Radiologue
L'électroradiologiste qualifié a le barème du groupe III le plus étalé : le maximum de 3 050 € n'est atteint qu'au-delà de 64 000 € d'honoraires conventionnels. Son matériel d'imagerie coûte cher, et la TVA payée à l'achat n'est pas récupérable : elle s'amortit avec l'appareil. L'achat se partage souvent dans une société civile de moyens ou une société d'exercice libéral, ce qui change la façon dont l'amortissement se répartit entre associés.
Questions fréquentes
Un médecin du secteur 2 peut-il pratiquer les déductions de 2 % et de 3 % ?
Non. Ces déductions, comme les frais du groupe III, sont réservées aux médecins conventionnés du secteur 1 placés sous le régime de la déclaration contrôlée. Un médecin du secteur 2 déduit ses frais réels et justifiés, comme les autres professions libérales.
La déduction de 2 % se cumule-t-elle avec les frais réels de réception et de petits déplacements ?
Non. Elle couvre les frais de représentation, de réception, de prospection, les cadeaux professionnels, les travaux de recherche, le blanchissage et les petits déplacements, et remplace leur montant réel pour toute l'année. Inscrire l'une de ces dépenses en charges vaut renonciation à la déduction. Les frais de la voiture professionnelle, eux, restent déductibles à part, sauf le stationnement et le parking, qui ne se cumulent pas avec les 2 %.
Que se passe-t-il si la déclaration 2035 est déposée en retard ?
Le médecin perd ces modalités particulières pour l'année : un simple retard suffit, même régularisé spontanément ou dans les trente jours d'une mise en demeure. Pour le généraliste de notre exemple, ce sont 9 350,00 € de bénéfice imposable en plus.
Un étudiant en médecine qui remplace un médecin relève-t-il du régime des praticiens conventionnés ?
Oui. Les étudiants en médecine qui remplacent un docteur en médecine figurent parmi les praticiens relevant du régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés, et cotisent à l'Urssaf à ce titre.
Sources
- BOFiP, BOI-BNC-SECT-40, « Médecins conventionnés » (version en vigueur depuis le 28 août 2024), § 1 à 220, consulté le
- BOFiP, BOI-BAREME-000025, « Médecins conventionnés du groupe III : barème de la déduction opérée » (version en vigueur depuis le 5 août 2015), consulté le
- BOFiP, BOI-BNC-BASE-40-60-40-20, « Frais de voiture » (version en vigueur depuis le 21 août 2019), § 60, consulté le
- BOFiP, BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10, « Professions médicales et paramédicales » (version en vigueur depuis le 9 avril 2025), § 1 à 45, consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés (PamC) : affiliation et régime social » (page datée du 17 juin 2026), consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Protection sociale du professionnel libéral » (page datée du 23 juin 2026), consulté le
- Code du travail numérique, convention collective nationale du personnel des cabinets médicaux du 14 octobre 1981 (IDCC 1147), consulté le