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Expert-comptable pour start-up : JEI, crédit d'impôt recherche et levée de fonds
Une start-up dépense avant de vendre, embauche des ingénieurs et ouvre son capital à des investisseurs. Trois règles fiscales pèsent alors sur sa trésorerie : le statut de jeune entreprise innovante, le crédit d'impôt recherche et le taux réduit d'impôt sur les sociétés. Leurs conditions de 2026 sont détaillées ci-dessous, avec un crédit d'impôt calculé ligne par ligne et le travail d'un expert-comptable de start-up d'un exercice à l'autre.
Par Nathanaël Bouskila, associé du cabinet Publié le Chiffres 2026
- JEI
- Moins de 8 ans, dépenses de recherche d'au moins 20 % des charges
- Crédit d'impôt recherche
- 30 % des dépenses, plus un forfait de fonctionnement de 40 % des dépenses de personnel
- Crédit d'impôt innovation
- 20 % des dépenses de prototype, dans la limite de 400 000 € par an
- Impôt sur les sociétés
- 15 % jusqu'à 42 500 € de bénéfice si le capital reste détenu à 75 % par des personnes physiques
Le statut de JEI : des conditions à vérifier chaque année
Le statut de JEI ne se demande pas : l'entreprise s'en applique les effets dès qu'elle en remplit les conditions, et doit pouvoir le prouver en cas de contrôle. Pour une start-up créée depuis le 1er janvier 2023, il en faut cinq :
- être une PME : moins de 250 personnes, et un chiffre d'affaires de moins de 50 millions d'euros ou un total de bilan de moins de 43 millions d'euros ;
- avoir moins de 8 ans : le statut se perd définitivement l'année du 8e anniversaire ;
- consacrer à la recherche et au développement au moins 20 % de ses charges de l'exercice ;
- avoir un capital détenu pour moitié au moins par des personnes physiques, une autre JEI, une société d'investissement, une fondation de recherche ou un établissement public de recherche ;
- exercer une activité nouvelle, sans être issue d'une restructuration ou d'une reprise.
Le ratio de recherche se calcule à la clôture, sur les charges de l'exercice. Une année de forts recrutements commerciaux peut le faire passer sous le seuil : nous le suivons en cours d'année, pas seulement au bilan.
Ce que le statut apporte en 2026
L'avantage principal est social : les cotisations patronales d'assurances sociales et d'allocations familiales ne sont pas dues sur les salaires des ingénieurs-chercheurs, des techniciens, des chefs de projet de recherche et des personnes affectées à la conception des prototypes. La part de salaire exonérée s'arrête à 8 401,58 € par mois, et l'exonération à 240 300 € par établissement et par an, soit cinq fois le plafond annuel de la sécurité sociale. Les mandataires sociaux qui participent à titre principal à la recherche y ont droit aussi.
L'exonération d'impôt sur les bénéfices, elle, a disparu pour les JEI créées à partir du 1er janvier 2024. Restent, sur délibération de la commune, des exonérations de cotisation foncière des entreprises et de taxe foncière.
Crédit d'impôt recherche et crédit d'impôt innovation
Le crédit d'impôt recherche (CIR) vaut 30 % des dépenses de recherche jusqu'à 100 millions d'euros. Sa base comprend les salaires et charges des chercheurs et techniciens affectés directement et exclusivement aux travaux, les amortissements du matériel de recherche et la recherche sous-traitée à des organismes agréés. Les autres frais de fonctionnement ne se justifient pas un par un : ils sont fixés à 40 % des dépenses de personnel, contre 43 % avant la loi de finances pour 2025, et à 75 % des amortissements.
La même loi a retiré de la base, pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025, les frais de brevets et la veille technologique, et supprimé le doublement des salaires des jeunes docteurs. Un dossier préparé avec des règles plus anciennes surestime le crédit.
Le crédit d'impôt innovation (CII) prend le relais quand les travaux ne sont pas de la recherche mais la conception du prototype d'un nouveau produit. Il est de 20 % en métropole depuis le 1er janvier 2025, sur 400 000 € de dépenses par an au plus, soit 80 000 € de crédit au maximum, et il est prévu jusqu'au 31 décembre 2027. Une même dépense ne compte jamais dans les deux crédits.
Les deux crédits se déclarent sur le formulaire 2069-A-SD, avec la liasse fiscale. Ils s'imputent sur l'impôt, et le solde est remboursé au bout de trois ans. Le remboursement immédiat est ouvert aux entreprises nouvelles, aux JEI et à toute PME au sens européen : moins de 250 personnes, et un chiffre d'affaires de moins de 50 millions d'euros ou un bilan de moins de 43 millions. Pour une start-up qui ne paie pas encore d'impôt, c'est de la trésorerie dans l'année qui suit les dépenses.
Un calcul de crédit d'impôt, pas à pas
Exemple chiffré
Une SAS parisienne qui développe un logiciel d'analyse d'images emploie deux ingénieurs à plein temps sur ses travaux de recherche. Leurs salaires et cotisations de 2026 s'élèvent à 120 000 €. Elle a aussi payé 90 000 € pour la conception du prototype de sa future application, hors recherche.
| Dépenses de personnel de recherche | 120 000,00 € |
|---|---|
| Forfait de fonctionnement 120 000,00 € × 40 % | 48 000,00 € |
| Base du crédit d'impôt recherche | 168 000,00 € |
| Crédit d'impôt recherche 168 000,00 € × 30 % | 50 400,00 € |
| Crédit d'impôt innovation sur le prototype 90 000,00 € × 20 % | 18 000,00 € |
| Total des deux crédits | 68 400,00 € |
PME au sens européen, la SAS peut demander le remboursement des 68 400,00 € sans attendre trois ans, qu'elle ait ou non le statut de JEI. Les travaux doivent être décrits dans un dossier technique : c'est lui que l'administration demande en premier lors d'un contrôle.
Levée de fonds : ce que l'entrée d'investisseurs change à l'impôt
Une société dont le chiffre d'affaires ne dépasse pas 10 millions d'euros paie l'impôt sur les sociétés à 15 % sur ses 42 500 € premiers euros de bénéfice, puis à 25 %. Encore faut-il que son capital, entièrement libéré, soit détenu de façon continue pour 75 % au moins par des personnes physiques, ou par des sociétés sous le même seuil de chiffre d'affaires et elles-mêmes détenues à 75 % au moins par des personnes physiques. Les parts des sociétés de capital-risque et des fonds communs de placement à risques sans lien de dépendance avec la start-up ne sont pas comptées. Ce sont les autres actionnaires personnes morales, comme une société industrielle qui prend une participation, qui font basculer le calcul.
Pour un premier bénéfice de 60 000 €, l'impôt est de 10 750,00 € avec le taux réduit (6 375,00 € sur la première tranche, 4 375,00 € sur le reste). Sans lui, il passe à 15 000,00 €, soit 4 250,00 € de plus.
Le pacte d'associés et les bons de souscription de parts de créateur d'entreprise (BSPCE) sont rédigés par votre avocat. Nous chiffrons leurs effets : dilution, valorisation retenue, traitement comptable des frais de levée. Le prévisionnel financier que demandent les investisseurs part des mêmes chiffres que votre comptabilité, et le simulateur d'impôt sur les sociétés refait le calcul ci-dessus avec vos montants.
Les premiers salariés : convention collective et bulletins
C'est l'activité principale de la start-up qui désigne sa convention collective. Une société de logiciel ou de conseil relève souvent de celle des bureaux d'études techniques, dite convention Syntec (IDCC 1486), qui a ses propres grilles de salaires minimaux. Nous la vérifions avant le premier recrutement, avec le code d'activité.
Sur les bulletins, l'exonération JEI ne s'applique qu'aux fonctions de recherche listées plus haut : un commercial ou un responsable administratif paie les cotisations patronales en entier. Les bulletins, avec la part exonérée salarié par salarié, relèvent de notre mission social et paie ; les contrats de travail restent rédigés et signés par l'employeur.
Expert-comptable pour start-up : notre mission, exercice après exercice
- 01
À la création, nous vérifions les conditions de la JEI avec vous : capital, activité nouvelle, budget de recherche de la première année, dans le cadre de notre mission de création d'entreprise.
- 02
Chaque mois, nous isolons les dépenses de recherche en comptabilité, projet par projet, pour que le ratio de 20 % et la base du crédit d'impôt se lisent à tout moment.
- 03
À la clôture, nous préparons le formulaire 2069-A-SD et la demande de remboursement, et vous aidons à tenir le dossier technique qui les justifie.
- 04
Avant chaque levée de fonds, nous mettons à jour le prévisionnel et le tableau de bord que suivront les investisseurs.
Les choix fiscaux de la start-up (crédits d'impôt, taux réduit, rémunération des fondateurs) relèvent de notre mission de conseil fiscal. Pour comparer une rémunération de président de SAS et des dividendes, le simulateur SASU et SAS part des barèmes de l'année.
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Questions fréquentes
Une start-up créée en 2026 peut-elle être exonérée d'impôt sur les bénéfices grâce au statut de JEI ?
Non. Les jeunes entreprises innovantes créées à partir du 1er janvier 2024 ne bénéficient plus de l'exonération d'impôt sur les bénéfices. Le statut garde l'exonération de cotisations patronales sur les salaires des personnels de recherche, plafonnée à 240 300 € par établissement et par an, et le remboursement immédiat du crédit d'impôt recherche, que toute PME au sens européen peut aussi demander.
Faut-il demander le statut de jeune entreprise innovante à l'URSSAF ?
Non. L'entreprise applique elle-même l'exonération, mois par mois, dans ses déclarations sociales, dès qu'elle remplit les conditions. Elle doit être à jour de ses déclarations et de ses paiements. Les conditions se vérifient de nouveau à chaque exercice : une année où la recherche descend sous 20 % des charges, l'exonération est perdue pour l'année.
Une plateforme logicielle peut-elle ouvrir droit au crédit d'impôt innovation ?
Oui, si elle constitue un nouveau produit, pas encore mis sur le marché, aux performances supérieures aux produits existants sur le plan technique, fonctionnel, ergonomique ou de l'éco-conception. Une simple évolution d'une offre existante, une nouvelle organisation ou une prestation de service ne relèvent pas du CII. Seule la phase de conception du prototype compte, pas sa production.
Une levée de fonds fait-elle perdre le taux réduit d'impôt sur les sociétés ?
Elle peut le faire perdre : le taux de 15 % suppose un capital entièrement libéré et détenu pour au moins 75 % par des personnes physiques, directement ou par une société qui remplit elle-même ces conditions. Les participations de sociétés de capital-risque et de fonds communs de placement à risques ne sont pas comptées dans ce calcul quand il n'existe pas de lien de dépendance avec la start-up : la table de capitalisation se relit avec cette règle avant la signature.
Sources
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Jeune entreprise innovante (JEI), de croissance (JEC), universitaire (JEU) ou à impact (JEII) » (page datée du 1er juin 2026), consulté le
- Code général des impôts, article 244 quater B (Légifrance, version en vigueur depuis le 1er janvier 2026), consulté le
- BOFiP, actualité du 13 août 2025, « Aménagements du crédit d'impôt recherche, du crédit d'impôt collection et du crédit d'impôt innovation » (loi n° 2025-127 du 14 février 2025, art. 55 à 58), consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Crédit d'impôt innovation (CII) » (page datée du 20 février 2026), consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Crédit d'impôt recherche (CIR) » (page datée du 21 février 2025), consulté le
- BOFiP, BOI-BIC-RICI-10-10-50, « Crédit d'impôt recherche : utilisation du crédit d'impôt » (version en vigueur depuis le 13 août 2025), § 40 et 60, remboursement immédiat, consulté le
- Entreprendre.service-public.gouv.fr, « Impôt sur les sociétés (IS) » (page datée du 17 février 2026), consulté le
- BOFiP, BOI-IS-LIQ-20-10, « Taux réduit : redevables concernés » (version en vigueur depuis le 21 juin 2023), consulté le
- Code du travail numérique, convention collective des bureaux d'études techniques, cabinets d'ingénieurs-conseils et sociétés de conseils (Syntec, IDCC 1486), consulté le